Auffälligkeiten festgestellt, muss sich der Patient einer herkömmlichen Koloskopie unterziehen, um die Polypen zu entfernen oder Gewebeproben für eine definitive Diagnose zu entnehmen.
Darüber hinaus ist die virtuelle Koloskopie möglicherweise weniger empfindlich beim Erkennen sehr kleiner Polypen, bei denen es sich unter Umständen um präkanzeröse Läsionen handeln könnte, und sie kann Bereiche außerhalb des Dickdarms, die bei einer herkömmlichen Koloskopie zugänglich sind, nicht beurteilen.
Aufgrund dieser Faktoren kann eine virtuelle Koloskopie manchmal zu einem zweistufigen Verfahren führen, bei dem sich die Patienten sowohl bildgebenden Verfahren als auch invasiven Eingriffen
